Sesuai Anggaran Dasar JSIT INDONESIA Pasal 7, JSIT INDONESIA menjalankan fungsinya sebagai:
- Penggerak: memelopori pemberdayaan Sekolah Islam Terpadu di Indonesia menuju sekolah efektif dan bermutu.
- Koordinasi: mengoordinasikan program kerjasama antar-anggota JSIT INDONESIA.
- Supervisi: melakukan penilaian, pengawasan, dan pembinaan penyelenggaraan dan pengelolaan sekolah bagi anggota JSIT INDONESIA ke arah sekolah efektif dan bermutu.
- Advokasi: melakukan pembelaan untuk umat Islam di bidang pendidikan.
- Pelayanan: melakukan aktivitas melayani, membantu, dan memfasilitasi kebutuhan anggota Jaringan Sekolah Islam Terpadu.
- Riset Pengembangan: melakukan penelitian dan pengkajian bidang pendidikan bagi pengembangan sekolah-sekolah yang menjadi anggota Jaringan Sekolah Islam Terpadu.